El segundo momento del último día del Viaje Apostólico este 21 de enero, fue la oración del Sucesor de Pedro a las reliquias de los santos que engalanan a la Iglesia y al pueblo limeño y peruano. Una gran multitud de personas recibió con mucha alegría y fervor la llegada del Santo Padre a la Plaza Mayor, en el corazón del centro histórico limeño, donde se asoma la Catedral de San Juan Apóstol y Evangelista. Acompañado por el Cardenal Arzobispo de Lima, Juan Luis Cipriani, el Papa fue acogido por el Capítulo Metropolitano y se encaminó hacia el altar. Después de un momento de recogimiento en silencio orante ante las reliquias de los santos del Perú, la oración con la asamblea, en la que participaron sacerdotes, religiosos, seminaristas, miembros de movimientos eclesiales y agentes pastorales. Reproducimos a continuación la oración completa pronunciada por el Papa:

Dios y Padre nuestro,
que por medio de Jesucristo
has instituido tu Iglesia
sobre la roca de los Apóstoles,
para que guiada por el Espíritu Santo
sea en el mundo signo e instrumento
de tu amor y misericordia,
te damos gracias por los dones
que has obrado en nuestra Iglesia en Lima.

Te agradecemos de manera especial
la santidad florecida en nuestra tierra.
Nuestra Iglesia arquidiocesana,
fecundada por el trabajo apostólico
de santo Toribio de Mogrovejo;
engrandecida por la oración,
penitencia y caridad de santa Rosa de Lima
y san Martín de Porres;
adornada por el celo misionero
de san Francisco Solano
y el servicio humilde de san Juan Macías;
bendecida por el testimonio de vida cristiana
de otros hermanos fieles al Evangelio,
agradece tu acción en nuestra historia
y te suplica ser fiel a la herencia recibida.

Ayúdanos a ser Iglesia en salida,
acercándonos a todos,
en especial a los menos favorecidos;
enséñanos a ser discípulos misioneros
de Jesucristo, el Señor de los Milagros,
viviendo el amor, buscando la unidad
y practicando la misericordia
para que, protegidos por la intercesión
de Nuestra Señora de la Evangelización,
vivamos y anunciemos al mundo
el gozo del Evangelio.